1659年（顺治十六年，永历十三年）闰正月二十五日（丙子），朱由榔和小朝廷的文武官员在平阳侯靳统武护卫下，由永昌府（今云南保山市）退到盏达土司，第二天行至布岭，距离中缅边境已经不远了。马吉翔认为只要进入缅甸国境就可以保住身家安全，同他的弟弟 马雄飞、女婿杨在秘密商议道：“我等百千谋议，方得车驾幸缅。今从官相随又已至此。万一得有宁宇，上意必悔不早入蜀；在廷又欲持文墨以议我弟兄。今护卫平阳侯右协孙崇雅与我极为同心。莫若先示以意，使之妄传追逼，则乘舆今夜必兼程入关。伺夜半昏黑，车驾一 过关，便将从官尽劫，则东奔西窜，流离万状，必无有随驾者矣。”三人议定后即往告知孙崇雅。孙是靳统武的部将，本已感到前途黯淡，又有马吉翔的怂恿，乘机发一笔国难财，何乐而不为？
于是在这天晚上纵兵大肆掳掠。在夜色笼罩之下乱兵抢劫，连永历皇帝也未能幸免，光着脚上不了山，直到天威营等兵赶到，才在深夜窜到铜铁关（指铜壁关和铁壁关），随行的文武官员在流离当中又遭抢劫，苦不堪言；不少将士也在混乱当中若鸟兽散。二十六日白天到曩 本河，距缅关十里。黔国公沐天波先派人去通知守关缅兵。由于历史的原因，明朝镇守云南的沐国公是缅甸当局熟知的人物，守关缅兵纷纷下马以礼相待。当他们得知随永历帝避难缅甸的文武有近两千人马，要求“必尽释甲仗，始许入关”。永历帝同意，“一时卫士、中官 尽解弓刀盔甲，器械山积关前，皆赤手随驾去”。这一举动曾经遭到一些忠于明室的人士的指责，认为自动解除武装是“堕缅人计”，“向使马吉翔、孙崇雅不暮夜兼程，则车驾入缅，护兵不散，犹易于出险而会两藩（指晋王李定国、巩昌王白文选），缅人不敢拘执，况敢 献清乎？”就当时形势而言，缅甸是个比较弱小的国家，其当局接受南明皇帝入境避难而要求解除随行人员武装无可非议。问题在于朱由榔贪生怕死，在李定国等人还在云南西部边境地区组织兵力抗击清军时，就在马吉翔之流窜撮下流入外邦，过着寄人篱下的生活，以为这 样清朝就可以放过他们，从而苟且偷安。
作为实权人物的李定国在兵力不足以保卫昆明时，对朝廷的去向可能作了不正确的决策。他没有坚持取道建昌入据四川，即便形势危急还可以顺长江而下同据守夔东的抗清义师会合，而赞成了马吉翔等人向中缅边境撤退的错误主张。然而，决策西撤并不等于同意流亡缅甸。 事实上他自己当时没有入缅，由他指派的护驾队伍靳统武所辖兵员也只是到关为止，没有跟随永历朝廷进入缅甸。当他接到靳统武的报告，缅甸当局禁止南明军队入境，永历帝下令随行人员自动解除武装后，“虑缅情叵测”，派高允臣赶去，企图追回永历帝和随行人员，不 料，高允臣一入缅境即遭到缅方杀害。从后来的情况看，李定国同白文选等一再出兵缅甸想把永历帝迎接回来，表明朱由榔的流亡缅甸根本未征得李定国、白文选等最高将领的同意。从复明事业来看，永历帝慌不择路地进入外邦避难，标志着旗帜半倒，给各地的复明志士在 心理上蒙上了一层浓厚的阴影。对李定国、白文选等人来说，既要在穷山僻壤的边境地区继续抗击清军，又要耽心在缅甸的永历帝的安全，弄得顾此失彼，心力交瘁。
朱由榔、沐天波和其他朝廷随行人员在顺治十六年闰正月二十六日进入缅甸以后，二十九日到蛮莫，当地缅甸土官思线前来迎接，永历帝赐给了金牌、缎帛厚礼。当对，黔国公沐天波、华亭侯王惟华、东宫典玺太监李崇实三人头脑还比较清醒，他们认为把朝廷命运完全置于 缅甸保护之下，万一缅甸当局态度发生变化，将带来难以预料的后果。因此，经过商议后共同提出建议：“此地属缅边，尚未深入。我等若将文武将士一半随大驾（指朱由榔）入缅，以一半导太子入茶山调度各营，即上在缅地亦有外援可恃。不然，深入夷穴，音耗内外不通 ，终于生困。”永历帝觉得这个建议有道理，可以考虑；可是，中宫王氏却舍不得爱子远离身边，坚持不肯。朱由榔惟恐清军跟踪而来，自身难保，离开蛮莫时即谕土官思线砍倒树木，阻塞道路。思线既得此谕，就在车驾启行后，对关内外山箐搜括三天，碰上仓皇追驾的明 朝官员一律加以拘捕，抄没随身财物，身强力壮者杀害于关前沟下，老弱者散给各土寨令其舂米，被折磨而死的即投入江中，销尸灭踪。三十日，行至河边（约为八莫，靠伊洛瓦底江）。二月初二日，缅甸国王派了四艘客船来迎接。由于船只狭小，永历帝挑选随从官员六百 四十六人扈从三宫由水道南下，其中有的官员还是自己出资雇买船只随行；剩下的九百多人由总兵潘世荣保护岷王世子等骑马走陆路，其中有文书房太监江国泰、刘九皋、刘衡、段然忠、翟国祯等十四人，文官朱蕴金等，武官温如珍、范存礼、姜承德、向鼎忠、高升、季大 胜、谢安祚等。
永历帝闻风丧胆、自乱阵脚从他即位以来已成司空见惯。逃入缅甸时，李定国还在组织磨盘山战役，清军不可能直接威胁到小朝廷的安全。然而，二月初四日马吉翔、李国泰拥簇着永历帝登上缅甸客船，不仅随从文武官还有不少人船只没有着落，连太后和东宫都没人料理。 永历帝坐船开行后，太后大怒，说道：“皇帝此时未至颠沛，即不顾亲娘耶？”朱由榔等才停泊了两天，到初六日水路人员草草准备就绪，陆续开船南下。一路上缅甸寨民供应物品，十八日船到井梗（地近当时缅甸都城阿瓦，今曼德勒）。二十四日，缅甸国王请永历帝派两 位大臣过舟讲话。朱由榔派中府都督马雄飞（马吉翔之弟）、御史邬昌琦前往“宣谕南幸之意”。尽管永历朝廷仍以宗主国自居，事实上却是逃难而来，这点缅甸君臣自然非常清楚。为了避免礼节上难以处理得当，缅甸国王拒绝接见使者，只派汉人通事居间传达信息。通事 拿出明神宗时颁给缅甸的敕书同马雄飞、邬昌琦带来的永历敕书相核对，发现所盖玉玺大小稍有出入，因此对永历朝廷的正统地位产生怀疑。幸亏沐天波携有历代相传的征南将军印是明代同西南沿边土司和接壤国家往来文书中经常使用，缅甸当局对比之后才解除了疑惑，允 许永历帝和他的随行人员暂时居留境内。
由潘世荣带领取陆路南行的明朝官员士卒在三月十七日就到达了缅都阿瓦城隔河对岸处。由于人马杂沓，引起缅甸国王的不安，他说：“此等非避乱，乃是阴图我国耳！”派出兵丁加以包围，强行把这批南明人员不分男女老幼分别安插于附近各村民家看管，一家一人，禁止 往来。这批南明人士顷刻之间妻离子散，家产荡尽，失去了人身自由。通政使朱蕴金、中军姜成德被迫自缢。
五月初七日，缅甸当局才把永历帝及其随从由井梗移到原陆路人马到达的阿瓦城隔河相望的地方，用竹子围造了一座城，里面建草房十间作为永历帝的住所，其他随行官员人等自行构房居住。
朱由榔和他的随从人员在缅都阿瓦城郊居住下来以后，同国内（包括边境地区）的抗清实力之间已经很难保持联系，所谓“朝廷”、“正朔”不过虚有其名。缅甸当局虽然允许他们入境避难，却始终没有给予正式的官方接待。尽管缅甸国王住在阿瓦城中、流亡入缅的永历君 臣住于阿瓦城外，隔河相望，近在咫尺，各种文献却表明，两人从来没有见过面。
开初，缅甸当局还给予一些物资帮助，即所谓“进贡颇厚”。永历帝也还携带了一点积储，有意回赠一分厚礼，用明朝习惯的说法是居高临下的“赏赐”。缅甸官员表示：“未得王命，不敢行礼”，意思是不愿对明朝皇帝行藩臣礼。朱由榔既无实力，也只好听其自然。
永历朝廷暂时得到安置，多数文武官员毫无失国忧君之念，继续过着苟且偷安，苦中作乐的生活。据记载，当地的缅甸居民纷纷来到永历君臣住地进行贸易，这本无可非议，许多南明官员却不顾国体，“短衣跣足，混入缅妇，席地坐笑”。一些缅甸人士也鄙夷这种丑陋行径 ，私下说道：“天朝大臣如此嬉戏无度，天下安得不亡？”③一位通事也说：“我看这几多老爷越发不像个兴王图霸的人。”永历帝为了维护小朝廷的安全和体统，决定派官员轮流巡夜，奉派官员即乘机“张灯高饮，彻夜歌号”。这年八月间，朱由榔左脚患病，昼夜呻吟。 马吉翔、李国泰于中秋节晚上会饮于皇亲王维恭家内，维恭家有广东女戏子黎应祥，吉翔、国泰命她歌曲侑酒，黎应祥流着眼泪说：“上宫禁咫尺，玉体违和，此何等时，乃欲行乐。应祥虽小人，不敢应命。”王维恭竟然拿起棍子就打。朱由榔听到哄闹哭泣之声，派人传旨 道：“皇亲即目中无朕，亦当念母死新丧，不宜闻乐。”王维恭等人才暂时收敛。此外，绥宁伯蒲缨、太监杨国明等大开赌场，日夜呼幺喝六，一片喧哗。永历帝大怒，命锦衣卫士前往拆毁赌场，诸臣赌兴正浓，那管什么皇帝圣旨，换个地方重开赌场，喧啸如故。
八月十三日，缅甸国王派人来请黔国公沐天波过江参加十五日的缅历年节。沐天波携带永历帝原拟赠送的礼品过江后，缅甸君臣不准他穿戴明朝衣冠，强迫他换上民族服装同缅属小邦使者一道以臣礼至缅王金殿前朝见。按明朝二百多年的惯例，镇守云南的黔国公沐氏代表明 帝国管辖云南土司并处理周边藩属国家的往来事务，体统非常尊贵。这时却倒了过来，要光着脚身穿民族服装向缅王称臣，心中苦恼可想而知。礼毕回来后，沐天波对朝廷诸臣说：“三月在井亘（吉梗）时不用吾言，以至今日进退维谷。我若不屈，则车驾已在虎穴。嗟乎， 嗟呼，谁使我至此耶？”说完大哭起来。礼部侍郎杨在、行人任国玺还上疏劾奏沐天波失体辱国，永历帝只好留中不报。
到九月间，马吉翔、李国泰对永历帝诉说廷臣和随从人员生活困难，有的人已经没粮下锅，意思是要朱由榔拿出“内帑”（这对流亡他国，自然不可能有任何财政收入）来救济。朱由榔本来就没有多少家产，这时屡经劫难，已经捉襟见肘，一怒之下把黄金制造的国玺扔到地 上，让他们凿碎分给群臣。典玺太监李国用叩头道：“臣万死不敢碎此宝！”马吉翔、李国泰却毫无顾忌，当即将国玺凿碎，分给各臣数钱至一二两不等。这件事充分说明随永历帝入缅的多数官员已如行尸走肉，毫无共赴国难之意。不久，缅甸政府送来一批新收的稻谷，朱 由榔指示分给穷困的随行官员。马吉翔却视若己物，分给同自己交情密切的人员，引起小朝廷内部极大不满。护卫总兵邓凯大呼道：“时势至此，尚敢蒙蔽上听。升斗之惠，不给从官，良心何在？”马吉翔命手下人把邓凯打翻在地，伤足不能行走。
永历帝进入缅甸，李定国在磨盘山战役中失败后引兵沿边境南撤，互相间的联系逐渐削弱。受李定国派遣负有保护永历皇帝和朝臣、家属责任的靳统武、梁杰等将领眼看朱由榔和随从已经进入缅甸境内，并且接受了缅方解除武装的要求，他们既不敢阻止皇帝的行动，又不愿 自动解除武装流亡异邦，因此，靳统武等也带领部下兵将由铜壁关追随李定国部主力向南撤退。
闰正月二十九日，巩昌王白文选领兵由雪山平夷攀崖附木来到陇川。二月十五日，同李定国军相会于木邦。两人都认为云南内地虽然被清军占领，散处在云、贵、川的兵力还有不少。永历朝廷的逃入缅甸，对诸将的坚持抗清必将在心理上造成极为不利的影响。因此，他们感 到当务之急是把永历帝从缅甸接回国内。经过商议以后，由白文选先领兵进至磨整、雍会，这里已是缅境地区。由于天气炎热，白文选命令部下卸甲解鞍，在树阴下休息，派出两名使者找寻缅甸地方官通知这次明军入缅只是为了接回永历皇帝。不料使者在途中被缅人杀害。 白文选又派十名骑兵前往说明情由，又遭到缅兵击杀。当时缅甸官员有一种错觉，以为南明皇帝入境避难，明朝的军队大概剩下的不过是一些散兵游勇，已经不堪一击。他们看到白文选军中有不少马匹，就派出一二百骑闯入明军营中抢马。白文选大为震怒，下令整顿兵马， 立即反击。缅方抢马的士卒被文选部下兵将追到河边，纷纷溺水而死。缅军主力（据文献说有“数十万”，可能失之夸张）在江对岸列阵，准备迎战。白文选命令部下士卒砍伐树木编造筏排，渡江作战。缅军自恃人多势众，对南明军队看不上眼，主事大臣变牙简说：“汉人 无状，然亦不多，须俟其尽渡，然后扼而尽歼诸江中可也。”文选兵坐在木筏上鱼贯而渡，刚渡过一百多骑兵，文选在对岸下令吹起号角，百骑一鼓而前，缅军抵敌不住，阵势大乱。明军占领滩头前进基地后，文选主力陆续渡河，全面进攻，缅军大败，被杀伤兵据说在万人 以上。缅甸当局这才知道明军强劲，收兵入城据守。白文选意欲攻城，又担心城内的永历帝的安全，不敢莽撞行事。缅甸官员质问朱由榔：“尔到我家避难，云何杀我地方？”永历帝并不知道白文选率兵前来接驾的详情，回答道：“既是我家兵马，得敕谕自然退去。”随即 派官员赍带敕令命明将退兵。缅甸当局惟恐永历使臣同白文选见面后，各自了解对方情形和缅甸态度，不让永历官员出城，而自行派人将敕文送至白文选营。文选叩头接受敕文，当天就下令退兵。
四月间，明将广昌侯高文贵、怀仁侯吴子圣也率领一支兵马入缅迎驾，但他们所取的道路同白文选不一样，大致上就是永历帝入缅的路线。高文贵、吴子圣的军队遭到缅甸当局阻止，他们自以为并没有侵占缅甸领土的意思，不过接出永历君臣罢了。于是，决心动武，杀入蛮 莫。缅军抵敌不住，又逼迫永历帝发敕谕责令高、吴退兵。朱由榔一味迁就，派吏部郎杨生芳、锦衣卫丁调鼎前往敕令二将退兵。高文贵、吴子圣接到谕旨后被迫从布岭退兵；文贵忧愤于心，不久病死；而杨生芳、丁调鼎回到流亡小朝廷后，竟以退兵有功，“升秩有差”。 永历皇帝甚至在马吉翔和太监李国泰的怂恿下发出敕令给缅甸各守关隘官员说：“朕已航闽，后有各营官兵来，可奋力剿歼”，借以换取缅甸当局的欢心。
当时，李定国、白文选部活动于滇缅边境一带，同据守福建海岛的郑成功、张煌言部等拥明势力还断断续续保持着秘密联系，当然知道永历帝仍在缅甸，并未“航闽”。因此，仍然不断地派遣使者甚至出兵迎接永历君臣。1660年（顺治十七年，永历十四年），白文选率 领兵马一直推进到缅甸都城阿瓦附近，九月间永历朝廷收到晋王李定国迎驾疏和致廷臣书，其中写道：“前此三十余疏，未知得达否？今此缅王相约，何地交递？而诸公只顾在内安乐，全不关切出险一事，奈何？奈何？”缅甸当局又要求永历帝发敕书退兵，明军等候多日， 不得要领，只好拔营而回。
1661年（顺治十八年，永历十五年）二月二十八日，巩昌王白文选托缅甸人秘密送上奏疏说：“臣所以不敢连破缅者，恐缅未破而害先及于皇上尔！为今之计，令多方委蛇，使缅送驾出来为稳著。”朱由榔当时在缅甸的日子已经相当不好过了，在玺书中恳切地盼望李定 国、白文选能够迎驾成功。过了五六天，缅甸百姓传说白文选已经在七十里外搭浮桥准备渡江来救出永历君臣。不料几天以后消息传来缅军已把浮桥蔑缆砍断，明军无法渡河，最后一次挽救永历朝廷的入缅军事行动以失败告终。这年三月间，沐天波见缅甸当局派兵看守永历 君臣，知道情况不妙，同原属晋王的总兵王启隆商议，歃血定谋组织敢死志士数十人杀掉马吉翔、李国泰，保护太子突围投奔李定国、白文选的队伍。这一密谋很快被马吉翔、李国泰察觉，他们谎奏永历帝说，沐天波、王启隆私下勾结缅甸准备谋害皇室。朱由榔没有弄清情 况，就下令把沐天波的家丁李成、王启隆的家丁何爱各付其主立即处死。沐天波，王启隆虽未因此遇害，他们为了挽救明室的最后一片苦心却化作了泡影。